宋元时期由于雕版印刷的发明，加上政府对医学事业的重视，有了很大发展，人们对酒喝药酒的认识逐渐从实践上升到理论。如《太平圣惠方·药酒序》认为“夫酒者，谷蘖之精，和养神气，性惟僳悍，功甚变通，能宣利胃肠，善导引药势”。《圣济总路·治法·汤醴》认为“药酒长于宣通气血，扶助氧气，即可用于祛疾，又可以用其防病”、“邪之伤人有深浅，药之功邪有轻重。病岁始起，当以汤液治其微。病既日久，乃以醪醴攻其甚。又有形数惊恐，经络不通，病生于不仁者，酒以醪药。以此见受邪既深，静脉闭滞，非醪药散发邪气，宣通血脉，安能必愈……酒性酷热，立行药势，所以病人素有血虚气滞、陈寒痼冷、偏枯不随、拘挛痹厥之类，悉宜常服，皆取其渐渍之力也。又古法服药，多以酒者，非特宣通血气而已，亦以养阳也”。

同时，的种类明显增加。仅《太平圣惠方》中就设有6篇药酒专节，收载有地黄酒、黄精酒、枸杞酒、五加皮酒、天门冬酒等42首药房。加上《圣济总录》、《太平惠民和剂局方》、《三因极一病症论方》等树种的药酒方，宋代著作中共载药酒数百种，运用范围涉及内科、外科、妇科、五官科等多种疾病。这一时期药酒发展的一个重要特点，就是应用范围相对集中，逐渐向养生保健方面发展，如“治一切风通用浸酒药二十二道”、“治风腰脚疼痛通用浸酒药十四道”等。另外，在药酒专门方中出现了较多养身延年、美容保健的药酒方，其中的一些药酒方更因口味纯正成为了宫廷酒。特别是在元都北京，国内外著名酒荟萃，羌族的枸杞酒、地黄酒、大漠南北各地的鹿角酒、羊羔酒，东北各组的松节酒、松根酒、虎骨酒，南方的五加皮酒、茯苓酒，西南的乌鸡酒、腽肭脐酒等流行一时。

  此外，送人陈直的《养老奉亲书》以及元人忽思慧的《饮膳正要》、《御药院方》等也收载了许多适合老年人服用的养生保健酒，对后代养生学、中药学、药酒学影响颇大。其中，《饮膳正要》是我国首部营养学专著，成书于1330年，将酒的利弊概括为“酒味甘、辛，性热，有毒，主行药势，杀百邪、通血脉、厚肠胃、消忧愁，少饮为佳，多饮则伤神损寿，易人本性，其毒甚也，饮酒过度，伤生之源”。

  在这一时期，以药材制曲的风气开始盛行，出现了采用隔水加热的“煮酒法”。如朱翼中在政和年间撰著了《酒经》（又名《北山酒经》），共分3卷，上卷论酒，中卷论曲，下卷论酿造之法，在“煮酒”一节谈到用加热杀菌的方法贮存药酒，比欧洲要早数百年，为我国首创，并载有香桂曲、瑶泉曲等药曲13种。